El departamento de Dirección de Clínica es el encargado de ejecutar, planificar, controlar y dirigir todos los procedimientos administrativos que rigen el funcionamiento interno de la clínica odontológica. El mismo está compuesto por: Dirección de Escuela de Odontología, directores de clínica, secretaria, unidad de radiología, unidad de esterilización, unidad de despacho de biomateriales y unidad de archivo de fichas clínicas.

El objetivo de este departamento es velar por el funcionamiento adecuado de las clínicas odontológicas; desde estar a la disposición para resolver dificultades e inquietudes que se le presente a los estudiantes, hasta garantizar el cumplimiento de funciones de las diferentes áreas o unidades que componen las clínicas odontológicas.